Gürdeniz, 1979 yılında Deniz Harp Okulu Uluslararası İlişkiler Bölümü’nü bitirerek Deniz Teğmen rütbesi ile donanma gemilerinde güverte subayı olarak görev aldı. 1983-1985 yılları arasında ABD Naval Postgraduate School’da İnsan Gücü, Personel ve Eğitim alanında yüksek lisans eğitimini tamamlayan Gürdeniz, 1987 yılına kadar Ankara’da Deniz Kuvvetleri Komutanlığında görev yaptı.

Gürdeniz, 1987-1989 yılları arasında Deniz Harp Akademisi öğrenimini tamamlayarak Deniz Kurmay Yüzbaşı olarak TCG Gayret Muhribi Harekât Subayı oldu. Bu görevindeyken 1991 yılında Belçika’da NATO SHAPE Karargahında dış göreve seçildi ve dış görevi esnasında Brüksel’de ULB’de (Université Libre Bruxelles) Uluslararası Politika dalında yüksek lisans yaptı.

1994-1995 yılları arasında TCG Yücetepe Muhribi İkinci Komutanlığı görevindeyken TCG Gaziantep Fırkateyni’ni ABD’den transfer etmek üzere Norfolk/ABD’de görevlendirilen Gürdeniz, Yaşanan uluslararası sıkıntılardan kaynaklanan transferdeki gecikmeler nedeniyle 1996 yılında Türkiye’ye geri dönerek Donanma Komutanlığı Harekât Başkanlığında görev yaptı. Gürdeniz; 1997 yılında, ABD Charleston’da bulunan TCG Gaziantep’i ikinci komutan olarak Türkiye’ye transfer etti ve gemiye 1998 yılında komutan oldu. Gürdeniz; 1999 Ağustos ayına kadar devam eden gemi komutanlığı sonrasında 2001 yılına kadar Deniz Kuvvetleri Komutanı Özel Sekreterliğini, Ağustos 2002’ye kadar Deniz Kuvvetleri Plan Prensipler Başkanlığı Antlaşmalar Şube Müdürlüğü’nü, Ağustos 2003’e kadar ise Harp Filosu III. Muhrip Filotillası Komodorluğu görevini sürdürdü.

Gürdeniz; 2003-2004’te Deniz Kuvvetleri Plan Prensipler Başkanlığı Strateji Daire Başkanlığı görevi esnasında, 30 Ağustos 2004 tarihinde Tuğamiralliğe terfi etti.

2005-2007 yılları arasında icra ettiği Deniz Kuvvetleri Plan Prensipler Başkanlığı görevi sonunda Çıkarma Gemileri Komutanlığı’na; bu görevin sonunda, 2008 yılında Tümamiralliğe terfi ederek Mayın Filosu Komutanlığı’na getirilen Gürdeniz, 2009-2011 yılları arasında tekrar Deniz Kuvvetleri Plan Prensipler Başkanlığı görevini yürüttü.

Gürdeniz, 11 Şubat 2011 tarihinde sözde Balyoz davasında sahte deliller ile tutuklanıp 18 yıl hüküm giydi. 19 Haziran 2014 tarihinde Anayasa Mahkemesi kararı ile yeniden yargılanan Gürdeniz, 6 Haziran 2015 tarihinde beraat etti.

İngilizce ve Fransızca bilen Gürdeniz; Deniz Kuvvetleri Dergisi’nde 1979-2005 arasında yayımlanan 22 makalenin yazarıdır. Gürdeniz, ayrıca Yacht dergisinde 2015 yılından bu yana Mavi Uygarlık köşesinin düzenli yazarı olan Gürdeniz, Pankuş Yayınları tarafından çıkarılan Yeni Deniz Mecmuası’nın genel koordinatörlüğünü yürütüyor ve dergide makaleler yayınlıyor. Gürdeniz, 2003-2010 yılları arasında, başta ‘Karadeniz’de Deniz Güvenliği’ konusu olmak üzere 30’a yakın uluslararası yurtdışı konferansta bildiri sundu ve 2014-2020 arasında ise yurt içi ve yurt dışında 300’ün üzerinde Mavi Vatan konferansı verdi.

Gürdeniz; Türk Deniz Kuvvetleri El Kitabı 2000, İngilizce/Türkçe ve Türkçe/İngilizce Deniz Terimleri Sözlüğü, Cumhuriyet Donanması, Açık Denizlere Doğru Deniz Kuvvetleri (Prestij Kitabı) Hedefteki Donanma, Amatör Denizciler İçin Acil Durum Seyri, Mavi Uygarlık, Anavatandan Mavi Vatan’a, Çelik Gemiler Demir Bahriyeliler, Mavi Vatan Yazıları (Kırmızıkedi Yayınları),Mavi Vatanın Güney Kapısı: Doğu Akdeniz (Pankuş Yayınları), Kültürü ve Görgüsü ile Denizcilik (Yapı Kredi Yayınları) kitaplarının yazarıdır.

Emekli Tümamiral Cem Gürdeniz; 24 Mart 2013-24 Mayıs 2020 tarihleri arasında, Aydınlık gazetesindeki Mavi Vatan isimli köşesinde 375 makale yazmıştır. Hâlâ veryansıntv.com’da yazılarına devam eden ve Koç Üniversitesi Denizcilik Forumu Kurucu Direktörü olarak görev yapan Cem Gürdeniz, evli ve 2 çocuk sahibi olup; Gemi maketçisi, yelkenci ve yüzücüdür.