Babacan, Twitter hesabından Boğaziçi Üniversitesi öğrencilerinin açtığı hashtag'e destek vererek, şu ifadeleri kullandı:

"Üniversiteler özerk olmalıdır. Ülkemizin özgür akademiye, özgür bilim insanlarına ve üretken öğrencilere ihtiyacı var. Bu özgürlük ve üretkenlik, kayyum atamalarıyla sağlanamaz. #KayyumRektörİstemiyoruz. Özgür bir akademi istiyoruz."

​2016 yılında seçilmiş rektör Prof. Gülay Barbarasoğlu'nun yerine danışmanı ve yardımcısı Prof. Mehmed Özkan'ın atanmasıyla başlayan süreç, Cumhurbaşkanlığı kararnamesiyle okul dışından bir atamayla devam ediyor. Haliç Üniversitesi rektörü olan Prof. Melih Bulu, gece yarısı yayımlanan kararla Boğaziçi Üniversitesi rektörü olmuştu.