İstanbul Büyükşehir Belediyesi (İBB) Ulaşım Koordinasyon Merkezi (UKOME), 6 Şubat 2020 tarihinde aldığı kararla, Ulaştırma ve Altyapı Bakanlığı’na bağlı Devlet Demir Yolları İşletmesi Genel Müdürlüğü’nün işlettiği Marmaray’ın İstanbulkart aktarma sistemine dahil edilmesine karar vermişti. Böylece aktarma alır hale gelen Marmaray’a, bir toplu ulaşım aracının ardından binen tam biletli vatandaşlar 7,75 lira yerine 3,50 lira, öğrenciler ise 3,50 lira yerine 1,70 lira ödemeye başlamıştı.

Devlet Demir Yolları İşletmesi Genel Müdürlüğü kararı mahkemeye taşımış, İstanbul 2. İdare Mahkemesi, 9 Temmuz 2020 tarihinde uygulamayla ilgili yürütmenin durdurulmasına karar vermişti. Konu, İBB tarafından Ağustos ayındaki UKOME gündemine taşınmış, ancak UKOME üyeleri konuyu görüşülmek üzere alt komisyona havale etmişti. İBB Hukuk Müşavirliği de yürütmeyi durdurma kararını Bölge İdare Mahkemesi’ne taşımıştı.

22 Eylül 2020 tarihinde kararını açıklayan İstanbul Bölge İdare Mahkemesi, İBB’yi haklı buldu ve daha önce alınan yürütmeyi durdurma kararını bozdu. Mahkeme, Devlet Demir Yolları İşletmesi Genel Müdürlüğü’nün savunmasında yer verdiği, toplantıya ilçe belediyelerinin davet edilmemesi; Marmaray’ın işletilmesinde geriye dönük telafisi olmayan mağduriyet oluşacağı; İBB Ulaşım Daire Başkanının vekalet ettiği müdürlük yerine de oy kullanmasının hukuka aykırı olduğu iddialarını uygun bulmadı. 

Alınan son kararla, Marmaray’ın aktarma almaya devam etmesi uygun bulunmuş oldu. Böylece, bir toplu ulaşım aracının ardından Marmaray’a binen tam biletli vatandaşlar 7,75 lira yerine 3,50 lira, öğrenciler ise 3,50 lira yerine 1,70 lira ödemeye devam edecek.